◆姆克儿（DP002）→姆克鸟（DP013）→姆克鹰♂（DP118）属性：一般+飞行特性：锐利目光→威吓常用技能：电光一闪、回转攻、神鸟特攻、近身打曾使用技能婆婆幸乃口中知道了草苗龟的事情，於是在皮卡丘回来的时候，小智在幸乃的提议下收服了草苗龟。在DP100中于真司的乌鸦头头交手时进化，但是却因为无法使用以前战斗方式而苦恼，当天晚上真司的土台龟教授了新的作战方式。在DP166中，小智派出树林龟迎战火箭队，在与火箭队对战过程中进化成土台龟，并学会叶风暴。◆小火焰猴（DP051）→猛火猴（DP132）→烈焰猴（DP163）属性：炎→炎+格斗→炎+格斗特性：猛火DP中常用技能：挖地洞、喷射火焰、音速拳、爆炎电击曾使用技能：火焰轮、火焰漩涡、火花、利爪原本是真司的神奇宝贝。在DP050中，小智和真司建立起搭档关系分别使用皮卡丘和小火猴参加双人合作赛大会。在DP051中，小智和真司晋级了半决赛，可是，小火猴的战斗状态却怎么也调整不好，面对这种状况，真司很不满意，便把小火猴放生了。小智对小火猴说着‘一起旅行变强吧’，于是便将小火猴收服了。在DP052的总决赛，小智用小火猴参赛并获胜，得到安逸铃铛。其后在D：翅膀攻击在DP002中首度出现，在寻找皮卡丘的时候，长尾怪手意外伤害了一只姆克儿，因此愤怒的姆克儿袭击了长尾怪手。被小智收服后，它也加入了寻找皮卡丘的行列。DP013中，姆克儿保护了森林中的飞行系神奇宝贝，进化成了姆克鸟。在DP0118话中，小智和姆克鸟参加了神奇宝贝圆环大赛，在与真司的对决中进化为姆克鹰并学会近身打。DP183中，战胜尚志的罗丝雷朵。◆草苗龟（DP005）→树林龟（DP100）→土台龟（DP166）属性：草→草→草+地上特性：茂盛常用技能：能源球、攀岩、叶风暴、光学合成曾使用技能：咬咬、飞叶快刀、撞击在DP005中首度出现，并帮手救了被火箭兵团抓走了的皮卡丘.小智从老P132与真司的战斗中，进化成猛火猴。DP163时再次进化为烈焰猴。DP179在道馆赛中终于控制住了猛火，打败了道馆训练家电磁。DP188激战真司的电击魔兽胜利，战斗结束後，真司本来打算要称赞变强之後的烈焰猴，但在看到烈焰猴和小智沉浸在胜利的喜悦之後，就打消这个念头了。◆泳气鼬（DP055）属性：水特性：轻快常用技能：音爆、喷射水柱、急冻拳、水枪曾使用技能：水波动在DP034中，小智一行人去河边钓鱼，碰到专门通过战斗抢走钓竿的泳气鼬，后被小光收服。在DP055中，由于喜欢神奇宝贝对战而和喜欢华丽大赛的长尾怪手进行交换，给了小智，能掌握冰之喷射水柱。DP159中经过神奇宝贝格斗家十郎的指导与小智的努力终于学会了急冻拳。◆圆陆鲨（DP157）属性：龙+地上特性：沙里隐身常用技能：挖地洞、岩石粉碎、龙波动、龙星群在DP156中小智帮助了一只野生的圆陆鲨找到天龙流星的感觉。与圆陆鲨别离后，走到了城镇的小智一行，发现它跟过来了。小智发现那只圆陆鲨似乎喜欢自己，为了成为朋友，小智扔出了宝贝球获得了新的同伴。不过天龙流星经常打中小光的波加曼。神奥联盟中打败考平的壶壶和夜黑魔人，并真正学会天龙流星。

转交的神奇宝贝

小火龙（EP011）→火恐龙（EP042）→喷火龙（EP045）EP第135话受训

属性：炎→炎→炎+飞行特性：猛火常用技能：喷射火焰、地球上投、龙吸、钢翼曾使用技能：火焰旋涡、火花、火箭头槌、**、过热、百万吨拳击、龙之怒小火龙本是被另一位训练家抛弃的神奇宝贝，EP16中小智在雨中搭救使得小火龙最终加入了小智的队伍。在EP042中打败椰蛋树军团后进化为火恐龙。进化后，火恐龙开始有些不听话，在EP045中，为了与化石翼龙决斗，火恐龙强迫自己进化成了喷火龙。随后喷火龙便不再听从小智，在EP106曾经在橘子群岛被冰冻，小智的悉心照料终于感动了喷火龙。喷火龙也成为了小智的主力。在EP135中，为了让喷火龙更好的修行，并让它成为全世界最强的喷火龙，小智将它留在了喷火龙山谷。其后在烟墨道馆快龙暴走事件及道馆比赛、城都联盟白银大会、对战工厂的比赛和对战金字塔的比赛中，喷火龙都有出现，并发挥了重要作用。曾在对战开拓区顽强战胜三圣鸟之一的急冻鸟。杰尼龟（EP012）EP148安置属性：水特性：激流常用技能：高速回转、火箭头槌、水枪、水炮曾使用技能：泡沫光线、缩壳、泡泡它本是在枯叶市附近制造麻烦的杰尼龟军团之首，在EP012中被小智收服。以它为首杰尼龟消防队曾经制造过许多麻烦，后来从良成为杰尼龟消防队。在EP148的神奇宝贝消防大赛中，遇上杰尼龟消防队，之后便返回队中。之后曾经回来参加城都联盟和对战开拓区的比赛。天蝎（DP064）→天蝎王（DP085）DP154寄放，DP186归队，此后继续寄放属性：地上+飞行特性：怪力剪刀/沙里隐身常用技能：剪刀十字拳、炎牙、超级冲击、尖石攻击曾使用技能：噪音、钢翼、飞沙脚在DP064中，因为喜欢小智所以跟小智一起去旅行，超级贪吃，多次都因为贪吃而落在队伍的最后面，但每次因为飞不好都一定摔到小智身上。在DP85中，天蝎变得不再惧怕战斗，因此，小智使用了小茂给的锐利牙进行了进化。DP154中小智一行人看到了巨钳螳螂和风铃铃的空中战。在那里出现了巨钳螳螂的训练家密宗和他的孙女阿真，小智看到决定用天蝎王和密宗对战，第一次已失败告终，第二次在对战中，天蝎王学会了超极冲击，但还是战败了，密宗发现天蝎王很有潜质，就想训练天蝎王，小智最终也同意了把天蝎王放在密宗。在神奥联盟返回激战真司。在严格的训练下能掌握风的动向，使用超极冲击后可以立刻乘着爆炸所产生的风逃跑，弥补了超极冲击的副作用。◆火爆猴（EP025）EP029安置属性：格斗特性：愤怒穴道/元气技能：百万吨飞腿、地球上投、疯狂乱抓、手刀、搔痒、横冲直撞、急冻拳、百万吨拳击EP025，小智初次遇到它还是一只猴怪，为了追回帽子，小智用各式各样的方法，但不成功。其后火箭队的小次郎用脚把猴怪踢得很远，其后猴怪突然进化成火爆猴，为了追回帽子，小智与它战斗，并收服了它。火爆猴起初并不听从小智的命令。在EP029的P1杯格斗大赛中，小智对火爆猴的救助最终感动了他。后来小智决定让它留下来接受训练，成为真正的P1冠军。

曾经拥有的神奇宝贝

绿毛虫（EP003）→铁甲蛹（EP003）→巴大蝴（EP004）EP021野放属性：虫→虫+飞行特性：磷粉—脱皮—复眼技能：撞击、吐丝、硬梆梆、睡眠粉、麻痹粉、旋风、烈暴风在EP003时，小智第一个收服的神奇宝贝。它喜欢小霞，但小霞却讨厌虫。在阻止火箭队的袭击中，它进化成了铁甲蛹。很快在EP004打败大针锋后进化成了巴大蝴。在EP021中，它与一只粉色的雌性巴大蝴邂逅，并离开了小智。比比鸟（EP003）→比雕（EP082）EP082野放属性：一般+飞行特性：锐利目光/蹒跚步伐技能：烈暴风、飞沙脚、翅膀攻击、旋风、电光一闪、舍身攻击在EP003中，小智收服的第二只神奇宝贝，在关都地区的旅行中，比比鸟参加了一系列的道馆和联盟的比赛。EP082中，它为了保护常磐森林的波波和比比鸟进化成了比雕，并打败烈雀与大嘴雀群，并离开小智。乘龙（EP085）EP114野放属性：水+冰特性：贝壳盔甲/蓄水技能：水枪、急冻光线、冲浪、泰山压顶•EP085中，小智为了拯救它并使他和家人团聚而收服了它。乘龙帮助小智一行人在橘子群岛间旅行，并参加了道馆赛和橘子联盟胜利者杯的比赛。EP114中，小智将它送回了家人身边。EP258在城都联盟的旅行中，小智又一次遇到了乘龙，现在已成为乘龙群的队长。长尾怪手（AG181）（DP第055话与小光泳气鼬交换）→双尾怪手（DP第060集）（DP124离队）属性：一般特性：捡拾/逃走技能：高速星星、影子分身、集中猛击、双重攻击在AG178中偷走了小智的帽子与小遥的缎带纪念勋章盒，后来上演了多次恶作剧。在AG181中被小智收服。在AG191中，它决定跟随小智去神奥地方。在DP055中，由于喜欢华丽大赛而与喜欢神奇宝贝对战的小光的泳气鼬进行交换。后来因为喜爱神奇宝贝乒乓而离开小光（进化后）。目前正与小王选手在枯叶市的神奇宝贝乒乓训练中心。大针蜂属性：虫+毒特性：预感目前唯一一只被收服后立刻被送给别人的神奇宝贝。在神奇宝贝白银联盟162集抓虫大会收服同集抓虫大会结束后赠送于喜欢黄黑条纹的少女奈奈。鬼斯通属性：幽灵+毒特性：浮游EP23集在紫苑镇的神奇宝贝塔。它非常喜欢搞恶作剧，EP23中曾把小智和皮卡丘捉弄得不省人事，EP24中它让沉溺于自我的娜姿找回快乐，战斗结束后，它决定留在金黄市道馆。金鱼王属性：水特性：轻快+水幕技能：独角钻EP169小智参加金鱼王钓鱼战斗中临时拥有。