梦幻与波导的勇者路卡利欧（2005）

持续旅行的小智和皮卡丘一行，来到了流传着“波导传说”的城镇：欧鲁德朗城。在城市的中心，举行着对数百年前的“波导之勇者——亚朗”而举行的祭典。小智与皮卡丘决定参加今年勇者对战。激烈的战斗之后，获得了冠军的小智当选为当年“波导之勇者”。城中举办了庆祝优胜者的盛大宴会。突然幻之神奇宝贝梦幻出现。然而梦幻却带着皮卡丘消失了身影。与此同时，路卡利欧数百年前的封印被解开，在小智面前显现了身影的！皮卡丘在哪？梦幻的目的是什么？还有，隐藏在路卡利欧身上的过去和波导传说的秘密是什么？带者所有谜团，小智与路卡利欧一起朝向“世界初始之树”开始了冒险。

沧海的王子玛娜菲（2006）

在这世界上海洋某处，即将诞生一只谁都不知道的传说神奇宝贝。以广大的海洋为舞台，神奇宝贝史上最大的任务即将开始！在荒地迷路的小智一行人遇到了一位女性“广美”，以水中神奇宝贝表演而出名的码头巡回团明星。广美是水之民的后裔，可以体会水系神奇宝贝的内心。小智等人便听广美诉说着水之民流传已久的传说。原来在海洋某处，水之民一族建造了“海之神殿-亚库夏”，里面供奉隐藏着珍宝“海之王冠”。但目前据说谁也没看过这顶王冠的实体模样。这时，追寻着传说之谜的神奇宝贝援助员“杰克•渥克”出现了。原来杰奇正执行一项机密任务，那就是要把苍海的王子──玛娜菲的蛋给安然送进神殿里。于是广美和小智等人也协助这项任务。忽然这时！出现了有“魅影”之称的海盗船长开来的大型潜水舰。原来魅影想要夺取王冠，借住王冠的神力来策划征服世界。但是要解开王冠隐藏的谜团，似乎还需要靠玛娜菲的蛋。这时连火箭队都想过来分一杯羹，造成了大混乱！为了**魅影的阴谋，杰奇开始用捕获器借住许多神奇宝贝的力量，小智他们也拿出自己的神奇宝贝准备应战。但毕竟对方的高科技潜水舰威力太强，顿时陷入危机！神秘的蛋此时发出灿烂的光芒，玛娜菲终于诞生了！隐藏于王冠珍宝里的秘密是？而玛娜菲的神秘力量又是？最后杰奇和小智等人的任务究竟能不能圆满成功呢？！现在，准备朝向海之神殿-亚库夏，目睹这精采的冒险吧！

钻石&珍珠

帝牙卢卡VS帕路奇犽VS达克莱伊（2007）

为了参加下一场神奇宝贝华丽大赛，小智一行来到了白杨镇，在那里遇见了一位名叫艾莉丝的可爱少女。艾莉丝带他们参观了小镇的标志建筑——时空之塔和水树相映成趣的美丽庭园。抱着观光的心情而去的小智一行却偶然遭遇庭园被不明生物袭击的事件。这个小镇有权有势的东尼欧男爵也出现在那里，他一口咬定这是传说中的神奇宝贝——达克莱伊所为。不久，达克莱伊突然从可怕的幻影中现身于小智等人的面前。未知的神奇宝贝——达克莱伊，它到底从何而来？正当那时，帕路奇犽和帝牙卢卡在时空夹缝中的战斗蔓延开来。强大的力量相互冲撞，将空间撕裂。并且，从裂口正好能看见白杨镇的所在位置。在和帝牙卢卡的战斗负伤的帕路奇犽逃到了这个小镇。但是，感觉到帕路奇犽存在的达克莱伊立刻对它展开了攻击。这时，追赶帕路奇犽而来的帝牙卢卡也出现在白杨镇。被称为神的两只神奇宝贝与达克莱依相遇之时，震撼时空的史上最强战斗开始了。即时强烈的冲击让白杨镇岌岌可危，不久便面临崩溃的危机。“古狄的日记”中记载的预言即将成为现实。小智等人能否解除这个危机呢？结果达克莱伊是敌人还是盟友呢？！《奥拉席翁》究竟是什么呢？！

骑拉帝纳与冰空的花束洁咪（2008）

“反转世界”是存在于这个世界内部的镜子般不可思议的世界。那个美丽而规则的世界，是骑拉帝纳栖居的特殊空间。然而帝牙卢卡和帕路奇犽的战斗造成了时空的扭曲，“反转世界”也因此完全被阴霾笼罩。由于自己的世界被污染而被激怒的骑拉帝纳找到了帝牙卢卡，并想将其拖入反转世界中。“现实世界”，在继续旅行的小智和皮卡丘一行的面前出现了一个小小的，几乎看不见的精灵。那是有“花媚”之称的感谢神奇宝贝洁咪。被卷入帝牙卢卡和骑拉帝纳的战斗的洁咪在千钧一发之际从反转世界逃出。小智一行带着精疲力竭的洁咪前往神奇宝贝中心。洁咪用心电感应将小智一行带到了它的“葛拉西蒂亚花(グラシデア)花田”，并告诉他们在这“葛拉西蒂亚花”中隐藏着巨大的秘密。正准备离开神奇宝贝中心的小智等人遇到了前来捕捉洁咪的火箭队。而与此同时，神奇宝贝中心外的装饰品的镜面上出现了“次元旋涡”，将火箭队、洁咪连同小智一行人一起全部带往了反转世界。从次元旋涡中脱出的小智一行人环顾四周，这里是倒立着一排排建筑物，空中处处漂浮着乌云的，广大而不可思议的反转世界。就在这时，骑拉帝纳突然出现，向洁咪发动攻击。小智等人正要与骑拉帝纳对抗，却传来制止之声。说话者是名叫穆玄•葛雷斯蓝多的学者，他告诉小智等人不可以让骑拉帝纳生气。正在小智一行在穆玄•葛雷斯蓝多的帮助下向现实世界回返之时，企图利用骑拉帝纳的力量支配世界的，驾驶着高科技母舰“百万力霸”的谜之青年，杰洛出现了。和洁咪一起继续着探索花园之旅的小智一行没能逃过杰洛的追踪。前所未有的冒险之旅的高潮，等待着你的是超越想像的“美丽奇迹”!

阿尔宙斯超克的时空（2009）

继续旅行的小智一行来到了四周环绕着丰富自然景观的河畔之城米琪那。这座城中有几千年前的神殿遗址，小智一行向位于巨大岩山上的遗迹前进。岩山山顶有一片巨大的湖，遗迹就建在湖边。小智一行陶醉在美丽的湖光之中。然而，湖面波澜骤起，水上形成了龙卷风，向小智一行迫近。眼看就要被龙卷风卷起来的时候，忽有一位女子伴着“帝牙卢卡，拜托你了！”的声音出现。下一个瞬间，空间被割裂开，帝牙卢卡的身影出现…女子名叫西娜，是遗迹的守护者。据说她有和神奇宝贝心意相通的能力。西娜将小智一行引入遗迹，用时空仪逐一介绍了帝牙卢卡、帕路奇犽和骑拉帝纳的空间，然后又开始将米琪那镇的古老传说娓娓道来…一切要从上古时代，相传创造了万物的幻之神奇宝贝阿尔宙斯为救许多神奇宝贝而撞向陨石的事情说起……一改以往的风格，本片的背景转化为希腊的雅典卫城，那一座座古老沧桑的建筑一定会让你有一种耳目一新的感觉，登场的神奇宝贝最有看头的莫过于阿尔宙斯了，它被誉为神奇宝贝中的“万神之神”，其强大的能力不可估量。然后是与所有前作有着“跨世纪”的改变的“众神之战”。前两部呕心沥血描绘的神兽的形象，在这神奥三部曲的最终章大放异彩。人物的设计也与之前有了很大不同的风格。这回给我们上演什么样的好戏呢？

幻影的霸者索罗亚克（2010）

在每年一部的《神奇宝贝》剧场版面前也难以匹敌（战绩请看：日本动画电影历代票房收入排行榜2007日本剧场版动画票房十强出炉），作为系列的第13弹作品，《神奇宝贝》剧场版《幻影的霸者索罗亚克》于2010年7月10日起在全日本东宝系新片隆重上映！本片将以第五代的神奇宝贝的勇姿作为本作的卖点。本片于2010年7月10日起在全日本东宝系新片隆重上映！

超级愿望系列

比克提尼与黑英雄捷克罗姆（2011）

系列完全新作，全新的传说将从这里开始。剧场版神奇宝贝超级愿望第一弹——《比克提尼与黑英雄捷克罗姆》。传说中的神奇宝贝比克提尼的神秘力量是什么？此外，黑色英雄是到底是什么？让我们拭目以待吧！

比克提尼与白英雄雷希拉姆（2011）

《神奇宝贝》第四季的《神奇宝贝超级愿望》的剧场版将会跟随游戏双版本的传统，分为两个版本上映，分别是《比克提尼与黑英雄捷克罗姆》与《比克提尼与白英雄雷希拉姆》。作为《神奇宝贝超级愿望》第一弹剧场版的《比克提尼与黑英雄捷克罗姆》与《比克提尼与白英雄雷希拉姆》将会在2011年7月16日做出同步上映。在本次剧场版中，小智将会与他的老搭档皮卡丘一起参加了在“アイントオーク”所举办的收获祭祀战斗，在这里他遇到了不可思议的妖精比克提尼，这部分故事中，双版本电影基本一致，不过神兽“黑色英雄——捷克罗姆”只在它认同追求“理想”的人类面前才出现；而“白色英雄——雷希拉姆”则在它认同追求“真理”的人类面前才出现。双版本预定还会有其他细节方面的区别。

酋雷姆VS圣剑士凯路迪欧（2012）

2012年，刚好是《神奇宝贝》动画开播的15周年，按照逢五满十必有重**念举措的惯例，作为《口袋妖怪》15周年纪念的一环，那便是剧场版第15作了。《酋雷姆VS圣剑士凯路迪欧》已于2012年7月14日在日本上映。本次的剧场版动画《酋雷姆VS圣剑士》是宠物小精灵系列第15周年的纪念大作，也是《宠物小精灵超级愿望》的第2部剧场版。故事的舞台设定在寒冷的深山中一座变为废墟的炼铁厂。被称为圣剑士的三只宠物小精灵与龙系最强的神奇宝贝酋雷姆相遇了。就在双方即将挑起战端之际，酋雷姆利用炼铁厂的遗迹制作除了“水龙门”……